Uma das primeiras medidas de Junot é a desmobilização do exército português, deixando contudo intactos alguns regimentos com os quais forma um corpo que envia para França e que dali segue para a frente de combate no Leste da Europa.
Junot chega a Lisboa a 30 de Novembro de 1807, e logo a 22 de Dezembro assina um decreto ordenando a desmobilização da maior parte do exército português, que resta reduzido a seis regimentos de infantaria e a três de cavalaria.
Os regimentos que escapam ao licenciamento das tropas terão tarefas auxiliares, porém, cumprindo ordens expressas de Napoleão, formarão igualmente um corpo de elite destinado a ir para França, onde ficará às ordens do imperador. É formado por nove mil homens, integrando duas divisões de infantaria e uma brigada de cavalaria.
Para comandante desse corpo, a que se chamou Legião Portuguesa (ou Lusitana) é nomeado o Marquês de Alorna, Pedro José de Almeida Portugal. É segundo comandante o tenente-general Gomes Freire de Andrade e chefe de Estado-Maior o marechal de campo Manuel Inácio Pamplona, este último comanda igualmente a força de cavalaria. Para o comando das divisões de infantaria são designados os marechais de campo José Carcome Lobo e João de Brito Mousinho. Seguem também o brigadeiro João Ribeiro, o grão-major Marquês de Valença e os coronéis Manuel de Brito Mouzinho, Marquês de Ponte de Lima, Conde de São Miguel. Joaquim de Saldanha e Francisco Ferrari.
Também integra o dispositivo o Conde do Sabugal, com o posto de chefe de esquadrão, o qual tem igualmente por incumbência fazer parte da deputação portuguesa que vai a França saudar o imperador, apelar-lhe à redução do valor da contribuição financeira que nos aplicou e rogar-lhe um novo rei para Portugal.
Os comandantes que seguem à frente da Legião são afinal a nata dos nossos oficiais superiores. Gomes Freire de Andrade é o mais experiente. Combatera integrado nas tropas russas na conquista de Oczacov e participara na campanha no Rossilhão, quando Portugal auxiliou a Espanha em guerra com a França.
Em Abril de 1808, a Legião Portuguesa parte para Salamanca, passando por Almeida. Chega a França já sem quase um terço dos soldados, que desertaram ao longo da marcha. Napoleão integra-a no seu exército regular, envolvendo-a depois nas campanhas militares da Alemanha, Áustria e Rússia. O desempenho da Legião Portuguesa destaca-se em combate, especialmente nas batalhas de Wagram, Smolensk, Vitebsk e Moscovo. Alguns dos seus militares recebem a cruz da Legião de Honra, em homenagem a heroicidade com que se bateram no campo de batalha.
As deserções e as perdas sucessivas de homens nas campanhas, conduzem a várias reorganizações do corpo. Quando já restam poucos, os portugueses são distribuídos por várias unidades do exército francês.
Quando Massena sai de França para invadir Portugal, uma parte dos oficiais e soldados portugueses legionários acompanham-no, dado o conhecimento que têm do país, porém a maior parte deserta mal chega a Portugal.
Os militares portugueses que ficaram em França apenas serão desmobilizados após o afastamento de Napoleão, partindo então para Portugal, onde regressam a suas casas após seis anos de ausência.
Nem todos porém encetam esse almejado regresso à Pátria. Para muito oficiais a derrota do Imperador arrasta-os na desgraça, impossibilitando-lhes o retorno, pois sabem-se acusados de traição. Alguns morrerão no exílio, como é o caso do comandante do corpo, o Marquês de Alorna.
O segundo comandante, o audaz Gomes Freire de Andrade, regressa e procura o perdão, porém Beresford, que governava, implicou-o numa conspiração contra o rei e acaba condenado à morte, sendo enforcado.
O perdão apenas seria concedido a todos os legionários pelas Cortes Constituintes em 1820, já após o afastamento de Beresford.
«As invasões francesas de Portugal», por Paulo Leitão Batista
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A napoleónica legião portuguesa
O Marquês de Alorna no quadro que apresenta não enverga o uniforme da Legião,